2013年4月25日上午，净慧长老的荼毗追思法会在湖北黄梅四祖正觉禅寺圆满举行。国家宗教局、中国佛协、湖北省、河北省党政领导以及地方党政领导出席了大会，对净慧长老表示深切哀悼。来自海内外的高僧大德及信众近万人参加了法会。
出席追思大会的领导嘉宾、高僧大德以及知名学者有：国家宗教事务局副局长蒋坚永，中共中央统战部二局副局长张天昱，国家宗教事务局一司司长刘威，中共湖北省委常委、统战部部长张岱梨，湖北省人大常委会副主任周洪宇，湖北省人民政府副省长王君正，河北省政协副主席曹素华，湖北省政协副主席郑心穗，湖北省政府副秘书长聂昌斌，中共河北省委统战部副部长刘青，中共湖北省委统战部副部长，省民宗委主任柳望春，河北省民宗厅厅长陈会新，河北省政协民宗委主任杜宪光，中共河北省委邢台市委常委、统战部部长王素平，中共黄冈市委常委、统战部部长刘海军等黄冈市四大家相关领导；净慧长老家乡代表、武汉市新洲区政协主席王建生；中共黄梅县委书记余建堂、县长马艳舟等领导。中国佛教协会会长、中国佛学院院长传印长老，中国佛教协会副会长刀述仁居士，中国佛教协会副会长、四川省佛教协会会长、峨眉山报国寺方丈永寿大和尚，中国佛教协会副会长、河南省佛教协会会长、嵩山少林寺方丈永信大和尚，中国佛教协会副会长、广东省佛教协会会长、光孝寺方丈明生大和尚，中国佛教协会副会长、江西省佛教协会会长、南昌佑民寺方丈纯一大和尚，中国佛教协会副会长、海南省佛教协会会长、湖北省佛教协会名誉会长 尼泊尔中华寺、 深圳弘法寺方丈印顺大和尚，中国佛教协会咨议委员会副主席、江苏省佛教协会名誉会长、常州市佛教协会会长、常州天宁禅寺方丈松纯长老，中国佛教协会咨议委员会副主席、江苏省佛教协会名誉会长、江苏省无锡市祥符禅寺住持无相长老，中国佛教协会秘书长王健，知名学者北京大学哲学系教授楼宇烈，中国社会科学院世界宗教研究所黄夏年教授，上海佛教协会办公室主任金易明教授，大护法杨勋等云集法会现场。
追思大会由中国佛教协会副会长、湖北省佛教协会会长、东方山弘化禅寺方丈正慈大和尚主持。首先全体肃立，为净慧长老默哀一分钟，向净慧长老法像三鞠躬。缅怀净慧长老一生为佛教业所做出的贡献。
国家宗教事务局副局长蒋坚永宣读中共中央政治局常委、全国政协主席俞正声，中共中央政治局委员、国务院副总理刘延东，原中共中央政治局常委、全国政协主席贾庆林唁电。中共中央统战部二局副局长张天昱宣读全国政协副主席、中共中央统战部部长令计划唁电。湖北省人民政府副省长王君正宣读湖北省委书记李鸿忠、省长王国生唁电。河北省政协副主席曹素华宣读河北省委书记周本顺、省长张庆伟唁电。
净慧长老圆寂后，各级组织、各级领导、各界人士、广大信众以不同方式表示深切哀悼，原中共中央政治局常委、全国政协主席李瑞环送来花圈，原中共中央政治局委员、全国人大副委员长王兆国表示慰问。
送来花圈、发来唁电的单位还有，中共中央统战部、国家宗教事务局、全国政协民宗委、中国佛教协会、中国道教协会。个人送来花圈、发来唁电的有，中共中央统战部常务副部长张裔炯、中央社会主义学院第一副院长叶小文、国家宗教事务局局长王作安；专家学者有方立天、楼宇烈、杨曾文、魏道儒等教授，以及中国佛教协会名誉会长一诚长老等各级党政部门、领导和各佛协组织、领导及居士。
台湾、香港、澳大利亚、加拿大、美国、澳大利亚、尼泊尔、匈牙利、日本、法国、德国等海内外佛教团体、寺院也纷纷发来唁电，以各种方式对净慧长老的圆寂表示深切的哀悼。
中国佛教协会副会长刀述仁居士介绍了净慧长老生平。净慧长老是当代爱国高僧，1933年出生于湖北省新洲。1951年，长老十八岁时到广东云门寺受比丘戒，得以亲侍中国现代禅门泰斗虚云老和尚，并承虚老之付嘱，以一身兼祧禅宗五宗法脉。尤其是文革以后，近三十年来，面对中国社会从传统向现代的转型，长老敏锐地洞察到佛教在当代社会发展中面临的问题与挑战，他继承并发扬了太虚大师、赵朴初居士倡导的“人间佛教”理念，慧眼独具、契理契机地提出“生活禅”修学法门，积极探索，勇于实践，将佛法与现代生活有机地结合起来；他开创性地举办“生活禅夏令营”、“禅文化夏令营”，多年来，广泛接引和培养了佛教的新生力量，为佛教的恢复和发展奠定了坚实的基础。
刀述仁对长老一生的功绩作出了高度评价：“净慧长老一生爱国爱教，信仰坚定，戒律精严，佛学造诣精深，在佛教界享有崇高威望。他注重道风建设，重视佛学研究，大力培养青年僧才，为中国佛教事业的健康发展贡献毕业心血。他协助党和政府落实宗教政策，兴复祖师道场，热心公益事业，弘法利生，服务大众，为促进社会发展做出了重要贡献。”
中国佛教协会会长、中国佛学院院长传印长老在讲话中指出，净慧长老创立、发展、实践、弘扬“生活禅”理念；探索总结僧团建设和佛教教育的规律和经验；运用文字般若，重视佛学研究，弘扬佛教文化；积极开展对外交流，向世界传播禅文化。他是当代人间佛教思想重要的实践者和推动者，为禅宗的传承弘扬，为佛教事业的健康发展，为佛教文化的传播普及，贡献了毕生心血。
他还说，净慧长老的圆寂，是我国佛教事业的重大损失。我们要学习长老的悲智愿行，爱国爱教、正信正行，为庄严国土、利乐有情，勇猛精进，不懈努力。
国家宗教事务局副局长蒋坚永致辞说到，净慧长老是我国佛教爱国爱教的典范。净慧长老一生坚持爱国爱教，拥护中国共产党的领导，坚持走与社会主义相适应的道路，认真贯彻和宣传宗教政策，行之所至，本着“利益一方，服务一方，和谐一方，教化一方”的宗旨，竭力促进社会和谐，是党和政府肝胆相照的真诚朋友。
柏林禅寺方丈明海大和尚代表长老的法子和出家弟子向前来参加追思活动的各级党政领导和海内外诸山长老，护法善信以及社会各界朋友表示诚挚地感谢。对长老的法育之恩表达了由衷地感恩。他说，恩师是洒脱的禅者，是吟咏自乐的诗人，是高超的管理家，是辩才无碍的演说家，是满腹诗书的学者，是悲心切切的慈母，是诲人不倦的慈父。最重要的，他就是一位在这多苦世界里践履悲智双运、自利利他精神的人间菩萨。我们需要泥塑木雕纯粹完美的偶像菩萨，更需要与众生打成一片、载沉载浮的人间菩萨。人间菩萨是不能远离尘俗、独善其身的，他要入泥入水，与众生同苦同乐、共辱共荣，以众生劫难的烈火铸造菩萨的悲心大愿，从众生共业的污泥浊水中盛开觉悟的圣洁白莲。善哉我师！奇哉我师！我们赞叹你，也赞叹你们这一代历经劫火考验、忍辱负重、跨越历史的断层延续中国佛教慧命的所有前辈大德！你们是佛陀派到人间的使者，是佛教的脊梁，也是鲁迅先生所赞叹的“民族的脊梁”！
他表示，我们要以恩师的悲智行愿庄严自己的生命，坚持正见，坚持戒行，勇于担当，把恩师开创的弘法利生事业进行下去。一如既往，护持祖庭，光扬门风，以此报佛恩师恩，报国土恩众生恩。
在追思法会开始之前，清晨六时三十分，在松纯长老宣说起龛法语后，在信众的佛号声中，净慧长老的灵龛由他的弟子们缓缓地抬出灵堂，安置在灵车上。在僧俗两序大众的护送下，灵车缓缓驶向荼毗现场。沿途是前来为长老送行的信众和当地的父老乡亲。在灵车缓缓行驶的途中，很多信众发现天空中出现了两道彩虹和状如九瓣莲花的白云，他们纷纷用手机、相机拍摄下这不可思议的一幕，并因此而感叹长老的功德。在灵车走过的地方，有信众泪流满面长跪不起，有信众手捧花瓣洒向灵车，还有信众抱头痛哭……
荼毗所用化身窑位于即将开工的佛祖大金塔的选址之地。化身窑前的彩门上，写着“功德圆满”四个大字，两侧悬挂着明海大和尚撰写的挽联“六十年菩提路，卓一副铁脊梁，起弊救衰，弥老弥坚，欲向儿孙立楷则，一朝撒手，可怜几处丛林，空遗鱼板萧萧思长老；八十岁老古锥，荷五宗之法脉，倡生活禅，无怨无悔，要为先圣续薪传，而今西去，那堪庭前柏子，犹自斜晖脉脉待公还。”
9时30分，中国佛教协会会长传印长老来到荼毗现场，亲自主法送净慧长老最后一程。松纯长老、永寿大和尚、永信大和尚、明生大和尚、印顺大和尚、纯一大和尚、正慈大和尚等一一拈香祈福，四祖寺僧众以及四方佛子高僧大德、护法居士，各方善信虔诚念佛，告别净慧长老。
传印长老为荼毗举火，祈愿净慧长老乘愿再来，化度有情！在香烟升起的那一刻，现场僧众在诵经佛号的声中，环绕荼毗现场，为长老送行。据了解，按丛林传统，化身窑将于七日后开启。
净慧长老示寂后，黄梅县委、县政府在深切哀悼的同时，以实际行动对长老治丧事宜予以全力支持。县委、县政府专门成立了工作班子，下设协调、接待、宣传、保障小组，并在四祖寺设立办公室，保障供水供电，建立消防、医疗救助预案；负责交通管制，重要嘉宾的接待工作等。同时，政府调动了大量警力提供安全保卫服务，保障了法会的顺利进行。
